V polovině října roku 2005 nastoupil na pozici provozního ředitele společnosti Apple Tim Cook. Pokračuje tak ve svém vzestupu, díky němuž se o necelých šest let později stane generálním ředitelem.
„S Timem pracujeme společně již více než sedm let a já se těším na to, že s ním budu ještě spolupracovat ještě těsněji a pomůžeme společnosti Apple v nadcházejících letech dosáhnout zajímavých cílů,“ uvedl tehdy Steve Jobs v souvisejícím oficiálním tiskovém prohlášení. Před svým povýšením působil Cook od roku 2002 jako viceprezident společnosti Apple pro celosvětový prodej a provoz. Ještě předtím pracoval jako senior viceprezident společnosti Apple pro provoz – do této pozice nastoupil v roce 1998 po krátkém působení ve společnosti Compaq.
Cookova odbornost se soustředila na provoz a logistiku. Nic nemiloval víc než snižování skladových zásob. „Člověk to chce řídit tak trochu jako v mlékárenském průmyslu,“ řekl jednou. „Když projde datum čerstvosti, máte problém.“
Během několika měsíců po nástupu do Applu se Cookovi podařilo snížit skladové zásoby společnosti ze 400 milionů dolarů v prosinci předchozího roku na pouhých 78 milionů dolarů. Dokázal být poměrně nesmlouvavý k dodavatelům i lidem, kteří pod ním pracovali. Získal si však respekt a stal se oblíbeným pro svůj racionální přístup k problémům. Když byl 14. října 2005 povýšen na provozního ředitele, stal se Cook zodpovědným za veškerý celosvětový prodej a provoz společnosti Apple. Vedl také divizi Macintosh a spolupracoval s Jobsem a dalšími vedoucími pracovníky z Cupertina „na celkovém vedení společnosti Apple“.
V té době nebylo Cookovo budoucí vedení společnosti Apple jako generálního ředitele zaručeno. Jeho jméno se však objevilo na velmi krátkém seznamu osob, které v tomto směru připadaly v úvahu. Jeho povýšení na provozního ředitele však rozhodně nikoho nepřekvapilo, protože s Jobsem úzce spolupracoval již několik let. Na Cookovi bylo zajímavé to, jak moc se lišil od mnoha jiných lidí ve vyšších funkcích Applu. Ve srovnání s Jobsem a takovými lidmi, jako byl senior viceprezident Scott Forstall, který se oblékal stejně jako spoluzakladatel Applu, byl nenápadný.
Ale Cook byl podobný Jobsovi tam, kde na tom záleželo. Byl tvrdý vyjednavač a dokázal, že je Applu neúnavně oddaný – a posedlý snahou dosáhnout výkonů, které většina ostatních společností považovala za nemožné. Rozhodně se mu to vyplatilo.